De arkeologiska samlingarna består av fynd från utgrävningar som Stadsmuseet och privata aktörer gjort i Stockholms kommun.
Här finns bland annat cirka 36 000 föremål från grävningarna på Helgeandsholmen 1978–1980, tusentals fynd från Årstafältet och Järvafältet samt ett tjugotal båtfynd från innerstan.